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内蒙古综合疾病预防控制中心是在原内蒙古疾病预防控制中心、内蒙古地方病防治研究中心和内蒙古结核病防治所3家单位基础上，于2013年合并组建成立，是直属自治区卫生健康委领导的副厅级公益性事业单位，加挂食品安全风险评估中心、内蒙古卫生检验检测中心。
中心主要承担全区传染性疾病、慢性非传染性疾病、地方病、病媒生物传播疾病等预防与控制;突发公共卫生事件应急处置和疫情报告;职业卫生、放射卫生、食品卫生和环境卫生等健康危害因素的监测与干预及科研教学等工作。
中心内设8个处所机构，40个科级机构。核定编制337人，其中专业技术人员287人，高级职称比例占40%，博士和硕士研究生86人，占比达30%以上。
中心建筑面积37400m2，占地76亩，实验室建筑总面积26000m2，建有内蒙古自治区首座生物安全三级（P3）实验室。现有2座鼠疫野外培训基地，设有理化实验室、微生物实验室、艾滋病确证实验室、麻疹实验室、脊髓灰质炎实验室、传染病检测实验室、鼠疫实验室、布病实验室、卫生毒理实验室、消杀实验室、二级清洁动物实验室等，共计建成28个生物安全二级实验室，其中4个为自治区重点学科实验室。中心现有大型仪器设备2000余台件，包括基因测序仪、飞行质谱仪等，共计通过国家实验室资质认定1100余项。
中心新址建设有120㎡，双四路双运营保障的B级模块化机房，可同时满足20套信息化系统的同步运行，目前中心已有和在建平台包括：全面免疫规划信息管理系统、中国疾控中心传染病信息系统、职业卫生信息报告系统、食源性疾病管理系统、食品安全风险评估系统、实验室管理系统等。
中心是内蒙古医科大学、包头医学院本科教学基地、硕士研究生培养单位，中心现有研究生导师14名，是吉林大学、兰州大学、内蒙古大学、内蒙古农业大学博士研究生联合培养单位。
近五年，中心共发表论文500余篇，其中SCI收录22篇，核心期刊356篇。喜获省部级科技进步一等奖1项、二等奖4项，厅局级科技进步奖4项、内蒙古科委成果鉴定8项。获科技部、国家卫生健康委、国家自然科学基金、内蒙古自然科学基金等单位资助项目40余项。
中心先后荣获 “全国卫生系统先进集体”、“传染病防治创新人才团队”、“全国十二五地方病防治先进集体”“自治区巾帼文明岗先进集体”等多项殊荣。多人享有“国家特殊津贴”、“先进个人”、“自治区突出贡献中青年专家”、“草原英才”、“自治区科技标兵”、“自治区五一劳动奖章”、自治区“321”人选、“511”人才培养工程等殊荣。
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