湖南省疾病预防控制中心成立于2001年3月9日，由原湖南省卫生防疫站、湖南省健康教育所（2012年划归省卫生计生委卫生宣传教育信息中心）、湖南省皮肤病防治研究所三家单位合并重组而成，隶属于湖南省卫生健康委，是行使政府疾病预防控制、公共卫生技术管理与服务职能的公益一类专业机构，承担着除职业病、结核病和血吸虫病防控以外的疾病防控任务。其使命是通过对疾病、残疾和伤害的预防控制，创造健康环境，维护社会稳定，促进人民健康；其宗旨是以科研为依托、以人才为根本、以业务为中心；其口号是科学防病、规范检测、公正诚信、促进健康。

中心总部位于长沙市芙蓉中路一段450号，占地面积12.8亩，业务用房面积21744M2，固定资产1.62亿元。人员编制336个，专业技术人员占85%以上。下设传染病预防控制科、慢性非传染性疾病预防控制科、免疫规划科、疫苗临床研究中心、突发公共卫生事件应急处置办公室、性病艾滋病预防控制科、环境健康监测科、学校卫生科、食品安全监测科、微生物检验科、理化检验科、毒理检验科、消毒检验科、地方病寄生虫病预防控制科、预防医学门诊部、麻风病防治科、病媒生物控制科等业务科室。

中心始终秉承质量为先、服务至上的理念，狠抓实验室质量管理，先后获国家实验室认可、国家资质认定、ISO9001质量管理体系认证等国家级认定资质9个，建有保健食品功能学检验与评价实验室、流感监测网络实验室、实验动物质量检测实验室、疟疾诊断参比实验室等国家和省级实验室10个。拥有科技部“省部共建国家重点实验室培育基地”、省科技厅“湖南省微生物分子生物学重点实验室”、省卫生健康委“湖南省新发传染病防控研究中心”、省教育厅“湖南省研究生培养创新基地”等科研平台。对外挂牌湖南省食品安全风险监测评估中心、湖南省公共卫生检测检验中心、湖南省新发传染病防控中心，是中南大学、南华大学等多所大学的研究生培养和教学基地。

中心始终坚持贯彻“预防为主”的卫生工作方针，以促进和保护人民健康为目标，促进基本公共卫生服务均等化，不断提高疾病预防控制能力、实验室检验检测能力、科研培训能力，形成了涵盖传染病防控、慢性病防控和公共卫生监测三大业务单元的疾病防控体系，为降低群众疾病风险、促进经济社会发展做出了贡献。先后获得“全国疾病预防控制工作先进集体”“全国医药卫生系统先进集体”“全国卫生应急先进单位”“全国防治非典型肺炎工作先进基层党组织”“全国爱国卫生运动60周年先进集体”“全国五一巾帼标兵岗”“全国公共机构节能示范单位”“湖南省省级文明单位”“湖南省首批党建示范点”“全国文明单位”“湖南省抗击新冠肺炎疫情先进集体”“湖南省抗击新冠肺炎疫情全国三八红旗手（集体）”“湖南省新冠肺炎疫情防控医师团队先进集体”等荣誉称号。