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2000年10月，省政府批准组建江苏省疾病预防控制中心，是直属省卫健委的公益性事业单位，2002年3月来，增挂省卫生检测检验中心、省公共卫生研究院。现有江苏路172号、迈皋桥122号两处办公区，下设部门（室、科、所）33个中业务科所20个、职能科所13个，编制695人，在职在编508人，硕士研究生以上学历231人，高级技术职务249人，其中国务院特殊津贴2人，国家有突出贡献中青年专家2人，省有突出贡献中青年专家3人，省“333工程”人才17人。建有江苏省国家突发急性传染病防控队、国家核和辐射突发事件卫生应急队。现有“十三五”科教强卫工程创新平台1个，重点学科1个，创新团队2个，重点人才3人；主持国家级、省部级课题167项中科技部国家重大专项1项，科技部863计划1项，国家自然科学基金30项；获各级各类科技奖148项；承担或参研国家标准125项，发表论文4220篇，累计SCI收录论文664篇中新英格兰6篇、柳叶刀11篇，拥有软件著作权81项、发明专利40项，实用新型专利40项，外观设计3项，贡献“强富美高”新江苏建设大局。
中心坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，在省委省政府和省卫生健康委领导下，积极倡导“团结、奋进、求实、创新”疾控精神，履行疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置等职能，有效应对“非典”、新冠肺炎疫情，驰援5.12汶川特大地震抗震救灾工作，处置9.14汤山投毒、婴幼儿毒奶粉、地沟油、小龙虾事件，援助非洲塞拉利昂抗击埃搏拉疫情，对口支援西藏拉萨、新疆伊犁和克州，保障北京奥运、上海世博会，高质量推进建设具有国际影响力的现代化疾控中心，服务“健康江苏”，获中央文明委“全国文明单位”，卫生部等部委“抗震救灾医药卫生先进集体”，人社部等部委“埃搏拉出血热疫情防控先进集体”，国家卫生健康委“全国疾病预防控制工作先进集体”，原国家卫生计生委、中华全国总工会“全国卫生应急技能竞赛团体一等奖”，中华全国总工会“全国五一劳动奖状”等国家级、省部级表彰近200项。
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