咖啡碱能引起人体神经中枢兴奋,虽然能消除疲劳,振奋精神,但若在夜间摄入这种物质会引起神经兴奋,从而影响睡眠质量。如果人体长期摄取过量的钠盐,会加重心脏负荷,使血压升高,甚至出现电解质紊乱。这些葡萄糖类物质进入人体后可以迅速提供能量,但是热量较高,过量摄入还会使人体变胖。过多的牛磺酸和赖氨酸还会刺激胃肠道,导致机体出现恶心、腹泻、呕吐等症状。

功能饮料必须适量饮用,同时由于儿童、孕妇、老年人等胃肠道脆弱及体质特殊者,不宜饮用功能饮料,以免发生未知危害。