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云南省疾病预防控制中心成立于2001年，是云南省疾病预防控制及公共卫生技术管理指导中心，承担全省疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导。人员编制513人，截至2021年12月31日，在职在编人员469人，其中专业技术人员427人，高、中级职称占71.19％；本科以上学历占82.52％。中心内设机构30个，其中综合管理机构10个，业务机构20个。业务用房14184平方米，实验室面积5440平方米，拥有百级、万级和十万级净化实验室、生物安全三级实验室和动物房。可开展sars、新冠肺炎、高致病性禽流感、埃博拉出血热等病原微生物检测和理化、毒理学、微生物、临床检验等项目。2005年通过国家计量认证和实验室认可，2015年通过iso9001质量管理体系认证，2021年通过iso9001质量管理体系再认证审核。
中心先后获得省（部）级以上资质31个，包括世界卫生组织认证或认可的合格脊髓灰质炎实验室、流感检测实验室、麻疹检测实验室；国家“两认"实验室、生物安全三级实验室、高致病性病原微生物实验室、食品安全定点检测机构、职业卫生技术服务机构甲级资质等国家认证实验室及资质。建设有院士工作站、博士后工作站， 云南省公共卫生执业（助理）医师国家医师资格考试实践技能考试基地，现为昆明医科大学、大理大学等高校的教学实习基地。中心艾滋病防控创新团队入选省级研究创新团队，获批设立5个云南省医疗卫生单位内设研究机构，分别为云南省艾滋病研究所、云南省食品安全与营养研究中心、云南省麻风病研究中心、云南省肠道病毒研究中心和云南省结核病研究中心。先后承担了“十五"国家科技攻关项目，“十一五"“十二五"“十三五"国家科技重大专项项目。
中心先后获得全国卫生计生系统先进集体、全国“五一"劳动奖状、全国疾病预防控制先进集体、全国卫生应急先进集体、全国艾滋病防治工作先进集体、百家全国卫生系统思想政治工作先进单位、全国青年文明号、全国先进基层党组织、全国抗击新冠肺炎疫情先进集体等荣誉。中心职工也先后获得全国和云南省劳动模范、抗击新冠肺炎疫情先进个人、“三八"红旗手，“中国好医生"，云南省“兴滇人才"、“云岭名医"和优秀医疗卫生人员等荣誉称号。
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