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自治区疾控中心于2002年5月经自治区编委批准，是由原自治区地方病防治研究所、卫生防疫站、结核病防治研究所三家正县（处）级单位合并组建的全额拨款事业单位（属公益一类），隶属自治区卫生健康委。根据自治区三定方案，中心现承担组织实施自治区重大疾病预防控制策略与措施，提供公共卫生监测与信息服务，确定重大公共卫生问题，调查处理重大疫情、群体性不明原因疾病和突发公共卫生事件，开展预防医学领域相关研究工作，开展实验动物研究及质量检测工作六项工作职能。是全区疾病预防控制业务指导中心、预防医学研究中心、科研培训中心和信息管理中心。中心成立了徐建国-高福双院士工作站和自治区博士后管理工作站，分别在阿克苏、和田、克州设立了工作站。
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