1) 霉菌及霉菌毒素的污染：霉菌毒素到目前为止有100种以上，在粮食中较重视的有：黄曲霉毒素、镰刀菌毒素、赭曲霉毒素和杂色曲霉素。其中以黄曲霉毒素的污染最常见，在黄曲霉毒素中以黄曲霉毒素B1的毒性和致癌性最强，长江沿岸及其以南广大盖温高湿地区粮食中黄曲霉毒素B1的污染比较普遍，随着纬度的增加，黄曲霉毒素B1的污染逐渐减少。东北、西北和华北地区污染程度轻，污染的粮食主要有玉米、花生。
 2) 有害植物种籽的污染：主要包括毒麦（毒麦籽瘦细、坚硬、无光泽、呈灰褐色）、麦角、麦仙翁籽、槐籽、毛果洋茉莉籽。
 3) 农药的污染：我国常用的农药有有机磷、有机氯、氨基甲酸酯类、砷制剂、汞制剂等。通过喷杀杀虫、被农药污染的土壤和灌溉污水中的吸收、大气中漂浮的农药等途径，直接或间接地污染粮食类食品。
 4) 污水灌溉的污染：污水中的有机成分经生物、物理及化学处理，可以减轻甚至消除，而以金属毒物为主的无机有毒成分或中间产物可能造成对污水灌溉农作物的污染。主要有汞、镉、铅、砷、硒、铬、酚等。
 5) 仓贮害虫的污染：我国的仓贮害虫有50多种，其中甲虫（米象、谷虫、黑粉虫）损害米、麦、豆类；蛾类损害稻谷；螨类损害麦、面粉、花生等。
 6) 意外污染和掺伪：意外污染是指粮食因运输工具未清洗消毒或清洗消毒不彻底而被污染。或使用盛放过有毒物质的旧包装物的污染，贮存库位、库房不专用被有毒有害物质污染，杀鼠等药物保管不当的污染。此外加工粮食制品误用了有毒有害的非食品添加剂等。粮食掺假是指为了掩盖劣质粮食或以低质粮食冒充高质粮或掺入砂子或使用增白剂等。如在大米中掺入霉变米、陈米；将陈小米洗后染色冒充新小米；在面粉中掺入滑石粉、石膏、吊白块等。