珍珠母贝软体部的蛋白质由大约20种氨基酸组成，即：丙氨酸、精氨酸、天门冬氨酸、胱酸、胱氨酸、谷氨酸、甘氨酸、组氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、赖氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、牛磺酸、苏氨酸、酪氨酸、丝氨酸、缬氨酸等。珍珠母贝软体部所含蛋白质中氨基酸组成和生活环境中浮游生物体内的氨基酸组成极为相似。珍珠母贝软体部中已知含有的苯丙氨酸、组氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、赖氨酸、蛋氨酸、苏氨酸、缬氨酸等均为人体必需氨基酸。牛磺酸在珍珠母贝软体部中的含量，特别是在外套膜和粘液中的含量，比牡蛎、栉江瑶、三疣梭子蟹、鲣、章鱼、乌贼等都多得多。珍珠母贝软体部分也含多种氨基酸，其中以牛磺酸等含量最多。牛磺酸是一种带有磺酸基的特殊氨基酸，具有抑制血小板凝集，降血脂、血压、降低胆固醇，保护力，促进大脑发育，防止胆结石等多种生理功能，是海洋生物中的一种重要的天然生理活性物质，在精、卵液中牛磺酸含量高达10%，其中有5种非蛋白质水解产物氨基酸，特别是牛磺酸和乌氨酸，在机体内是重要的生理活性物质，也是珍珠质的主要有效药用成分，因此整个软体部（全脏器）被认为是珍珠母贝的主要药用部分。