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安徽省疾病预防控制中心是在原安徽省卫生防疫站(1953年4月建站）的基础上，于2003年调整组建的全省综合性疾病预防控制机构，是隶属于省卫生健康委的公益性事业单位，同时挂牌省健康教育所和省公共卫生研究院。
中心承担政府疾病预防控制技术管理与服务职能，主要包括：传染病、地方病、慢性非传染性疾病等预防与控制、突发公共卫生事件和灾害应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、卫生检测与评价、健康教育与健康促进、疾病预防控制技术管理与应用研究指导等。
中心内设23个科室，编制373人，截至2021年12月底，在职职工305人，离退休人员213人。各类专业技术人员278人，其中高级职称80人，本科以上学历占业务人员总数的85.6%。
中心拥有全省唯一的生物安全三级实验室，具有包括新冠病毒在内的7种高致病性病原微生物实验资格。拥有微生物、理化检验室，毒理学实验室，消毒洁净实验室，艾滋病确认实验室，碘缺乏病实验室，麻疹、脊灰实验室。中心各类实验室通过CNAS认证认可的检验检测项目1320个，通过CMA认证认可的检验检测项目1324个。
中心搭建有三大科研合作平台，分别为省卫生健康委与中国科学技术大学依托中心共建的“联合实验室”，中心与安徽医科大学、中科院物质所共同成立的“重大传染病综合研究中心”以及与中科大附属第一医院（省立医院）共建的“联合实验室”。中心还是“中国疾控中心中国现场流行病学培训项目安徽基地”“安徽医科大学预防医学专业教学基地”。传染病病原分子生物学实验室、现场流行病学是安徽省“十三五”医疗卫生重点实验室/重点专科；现场流行病学、病原微生物分子生物学实验室和艾滋病病毒分子与免疫学中心实验室是安徽省“十四五”医疗卫生重点实验室/重点专科。已建成国家突发急性传染病防控队（安徽）。
中心文明创建硕果累累，蝉联四届全国文明单位，获得全国抗击新冠肺炎疫情先进集体、全国工人先锋号、全国卫生系统先进集体、全国卫生系统卫生文化建设先进单位、全国医药卫生系统先进集体、安徽省文明单位、安徽省抗洪救灾先进集体等各类荣誉70余项。中心涌现出全国抗击新冠肺炎疫情先进个人、全国抗击新冠肺炎疫情三八红旗手、全国抗疫最美家庭、安徽省劳模、安徽省优秀援疆干部、安徽省双百优医生、安徽省抗击新冠肺炎疫情先进个人、安徽好人、安徽省五一劳动奖章个人、安徽省五四青年奖章个人、安徽省巾帼岗位标兵、安徽省优秀共青团员、省直机关十大杰出青年、省直机关道德模范、合肥好人、合肥市岗位学雷锋标兵等先进模范人物。
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