(一)办公室(信息化管理处)。负责机关日常运转，承担安全、保密、政务公开、对口支援、信息化建设和卫生健康统计等工作。

(二)干部人事处。承担机关及所属单位的干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训、离退休干部等工作。

(三)规划发展处(研究室)。协调推进健康上海建设，组织拟订本市卫生健康事业发展有关规划，推进健康服务业发展，开展综合性政策研究工作。

(四)财务处。负责机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理和内部审计等工作。

(五)法规处。起草有关卫生健康工作的地方性法规、规章草案，承担卫生健康标准化建设有关工作。

(六)医药卫生体制改革处。研究提出深化医药卫生体制改革政策措施的建议，承担深化医药卫生体制改革具体工作，承担推进公立医院综合改革有关工作。

(七)疾病预防控制处。拟订本市重大疾病防治规划、免疫规划及政策措施，完善本市疾病预防控制体系，组织落实传染病、慢性非传染性疾病监测、预警以及预防、干预和服务管理措施。承担法定报告传染病疫情信息发布工作。

(八)健康促进处。组织开展爱国卫生运动、健康教育、健康促进活动，承担卫生健康科学普及等工作。

(九)医政医管处。承担本市医疗机构、医疗服务行业管理工作，建立医疗质量控制、医疗服务评价和监督管理体系，组织公民无偿献血，指导、管理和督查行风建设工作。承担对公立医院绩效考核评价工作进行监督、指导相关工作。

(十)基层卫生健康处。拟订本市基层卫生服务政策、标准和规范并指导实施，指导基层卫生服务体系建设。

(十一)应急管理办公室。承担卫生应急和紧急医学救援工作，组织编制专项预案，组织、指导和监督预案演练及具体实施。指导卫生应急体系和能力建设。发布突发公共卫生事件应急处置信息。

(十二)科技教育处。拟订卫生健康科技发展规划及相关政策措施并组织实施。承担职责范围内的实验室生物安全监督工作。承担毕业后医学教育和继续教育的管理工作，协同指导医学院校教育。

(十三)综合监督处。承担公共卫生、医疗服务等监督工作，查处相关违法行为。组织开展学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治监督检查。完善综合监督体系，指导规范执法行为。

(十四)药政管理处。组织实施国家基本药物制度，组织拟订并实施上海市基本药物制度与政策，承担医疗机构相关药品的使用管理临床药事工作与合理用药监测工作，完善临床药学服务体系。

(十五)食品安全标准与监测评估处。组织开展本市食品安全风险监测评估，依法拟订并公布食品安全地方标准，负责食品安全企业标准备案有关工作。

(十六)老龄健康处。组织拟订并协调落实医养结合的政策、标准和规范，建立和完善老年健康服务体系。承担上海市老龄工作委员会的具体工作。

(十七)妇幼健康处。拟订妇幼卫生健康政策、标准和规范，推进妇幼健康服务体系建设，推进妇幼卫生、生殖健康、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展和生育技术服务推进工作。

(十八)职业健康处。拟订职业卫生、放射卫生相关政策、标准并组织实施。开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理。协调开展职业病防治工作。

(十九)人口监测与家庭发展处。承担出生人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议，完善计划生育政策并组织实施，建立完善计划生育特殊困难家庭扶助和促进计划生育家庭发展等机制。管理免费计划生育药具供应和发放。

(二十)新闻宣传处。组织开展卫生健康宣传，承担卫生健康新闻和信息发布工作，推进全行业精神文明建设。

(二十一)外事处。承担卫生健康领域的国际交流与合作、卫生援外工作，管理机关和所属单位外事工作。

(二十二)信访办公室。指导卫生健康领域的信访工作，综合协调处理重要信访问题，落实信访工作责任制，受理、承办、交办、转送有关信访事项。

(二十三)中医药服务监督管理处。拟订中医药地方性技术标准、管理和服务规范，并组织实施。指导和协调中医、中西医结合机构的设置和资源配置，对其他医疗卫生机构的中医业务进行指导。

(二十四)中医药传承发展处(中医药综合协调处)。拟订中医药发展相关政策文件，组织实施本市中医药传承创新、文化继承发展等工作，承担与中医药工作相关的毕业后教育和继续教育的管理工作，承担与中医药工作相关的综合协调工作。

按规定设置机关党委和市医务工会。